经济学部： 经济学科、经营学科
法学部： 第一类（私法班）、第二类（公法班）、第三类（政治班）
文学部： 思想文化学科、历史文化学科、言语文化学科、行动文化学科
教育学部： 综合教育科学科
教养学部：
（后期课程） 超域文化科学科、地域文化研究学科、综合社会科学科、基础科学科、广域科学科、生命·认知科学科
理学部： 数学科、情报科学科、物理学科、天文学科、地球行星物理学科、化学科、生物化学科、生物学科、地学科
工学部： 土木工学科、建筑学科、都市工学科、机械工学科、产业机械工学科、机械情报工学科、航空宇宙工学科、电气工学科、电子情报工学科、电子工学科、物理工学科、计数工学科、材料工学科、应用化学科、化学系统工学科、化学生命工学科、系统创成学科
医学部： 医学科、健康科学·看护学科
农学部： 应用生命科学课程、生物环境科学课程、生物生产科学课程、地域经济·资源科学课程、兽医学课程
药学部： 药学科

研究生院设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学 12 个研究科，共分 104 个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能，它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织 95 个，分属于 10 个相当于系一级的机构中。