日本使、领馆给留学日本学习的自费留学生签发的签证有两种：一种是4-1-16签证，一种是4-1-16-3签证。
一、4-1-6签证：
签发对象是申请入读高等院校的自费留学生，这类学生在日本一般被称为正式留学生，申请下来的签证居留期通常为1年、6个月或3个月。
日本保证人将《入学通知书》和《在留资格认定书》(4-1、6)寄给申请人，需要由申请者本人持上述证件向公安机关申请护照。在申请人取得护照以后，只要具备下列的材料就能够向日本大使馆申请留学签证。
(1)留学理由书。详细填写到了以后日本学习的目的以及选修的学科，一式两份。
(2)个人履历书。从小学填起，一式两份。
(3)誓约书。一式两份，式样的内容将会由日本使馆提供，申请人只要照抄一遍后签名即可。
(4)认真填写日本入境签证申请表。一式两份。
(5)由公安机关出具的申请人跟保证人关系的证明。
(6)申请人最后一个学校的毕业证书。
(7)日本学校的录取入学通知书。
(8)身元保证书。须写明保证申请人在日学习期间的旅费、学费和生活费，并保证申请者遵守日本法律并按期返国。一式两份。
(9)保证人的纳税证明书。
(10)申请人的护照和免冠近照5张。
上述材料具备后，日本使馆便会受理申请，如保证人已为申请人办理了《在留资格认定证明书》并一同送交大使馆，便会立刻获得留学签证。否则需要等候3个月时间。
二、4-1-16-3签证：
对象为就学生，即那些自费到日本留学，因语言纯熟程度不符合要求，不能直接升入各大学学习而先进入语言学校学习日语的外国学生(包括其他技艺学校的学生)，他们不是正式留学生。在日本，他们被称为就学生(或难留学生)，以区别正式留学生。获这种签证的就学生，在日居留期限，通常只签半年。在国际学生学院开设的语言学校学习的自费生，也可能获得4-1-6签证。
4-1-16-3签证申请的程序：
(1)申请人通过保证人向拟前往的日本语言学校申请入学许可证。
(2)由保证人持入学许可证，向入国管理局申请办理"就学事前审查"手续。
(3)入国管理局经审核，批准后就发给保证人一份"就学生入国事前审查终了证"，再由保证人寄给申请人。
(4)申请人持"就学生入国事前审查终了证"和其他手续向公安机关出入境管理部门申请办理出国护照。
(5)向日本驻华使领馆索取"入境签证申请表"、"亲属关系表"、"誓约书"。
(6)填好使、领馆提供的表格，并书写一份就学理由书、个人履历书。
(7)将以上证明材料一并寄给日本驻华大使馆或领事馆办理签证，很快就可得到签证。
从1988年起，日本政府严格限制就学生的入境。
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