选科系是美国研究生院申请过程中非常重要的，美国的研究生院根据不同的学院和科系对申请者分开审核，热门科系和冷门科系的申请难度大不同，决定要申请什么专业时某种程度已经决定了你可能会录取的学校，因此选科系时务必慎重。
拥有12年美国留学申请经验的资深顾问张恒瑞建议，最好与有经验的顾问讨论清楚，该申请什么专业？现在是什么专业？如果要转专业，该如何准备？如果想读名校，又该如何选择专业？如果想从基础科学专业转为应用专业，又该如何规划？另外要和顾问讨论你选择此专业的动机是什么等。同样1280分的GRE和同样3.4的GPA，申请不同的专业，录取的学校可能会有很大的差距。有的可能录取到哈佛、耶鲁；有的仅仅录取到纽约州立大学。张顾问说，很多同学对欲申请的目标专业认知根本不清楚，只是听名字，入读之后才发现课程内容和专业名字落差很大，因此，学生在申请之前需对欲申请专业的课程设置，对毕业生的要求等做详细了解。
张恒瑞分析道，通常美国热门科系毕业生，他的发展宽，收入高，但申请人数众多，竞争激烈。而冷门科系毕业后的发展相对较窄，收入相对较少，申请人数较少，申请到名校的几率较高。热门科系中工商管理硕士MBA，申请难度最高，不但要有工作经验，更需在申请文章中突出自己的能力和申请的动机。工学院里电机系EE最为热门；统计系、公共卫生、土木工程等相对较冷门。
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