据美国THOMSONISI学术信息会社日本事务所介绍，这次的研究机构论文被引用排行榜，与以前的各研究机构论文发表排行榜有著质与量的区别。过去大家比较重视在世界上最具权威的杂志等学术刊物上所发表的论文数量，并以此来进行排榜，量的概念起了主导作用。而此次THOMSONISI学术信息会社对各研究机构发表的论文被引用的数据进行统计，试图从质的角度来对各研究机构进行一次排行，而被统计的论文是从1992年起至2002年的11年间发表的论文。

    在综合排行榜中，世界上共有3291个研究机构进入了排行，其中日本有5所大学进入了前100位，它们是东京大学第16名、京都大学第30名、大阪大学第36名、东北大学第82名、名古屋大学第99名，而私立的庆应大学排名第332位，位居日本国内第14位。

    在化学方面排行中，共有716个研究机构进入排行，其中东京大学排名世界第2，京都大学排名第3，东京工业大学第10、大阪大学第16、东北大学第17位，共有5所大学进入了世界前20名排行。中国的南京大学排名世界第237名，位居中国国内第一。

    在物理学方面排行中，共有563个研究机构，东京大学位居世界首位.