日本的高等教育体制包括专科教育和大学教育。大学教育分为本科、硕士、博士三个阶段。
专科教育
在日本，专科类教育机构包括高等专门学校、专修学校的专门课程、短期大学。
高等专门学校：初中毕业者可进入此类学校学习，为期5年（与商船有关的专业为5年半），成绩合格，修满学校规定的学分，毕业生可获得“准学士”的称号。高等专门学校的毕业生有资格申请大学插班。
专门学校：设有专门课程的专修学校称为“专门学校”。高中毕业或具有同等以上学力者方可入校学习。学习年限从一年到三年不等，一般以二年为主。符合一定条件者，可由文部省大臣（相当于中国的教育部部长）授予“专门士”称号。
短期大学：高中毕业或具有同等以上学力者可入校学习，学制为2年到3年。修满学校所规定的学分，准予毕业，可获得“准学士”的称号。短期大学的毕业生可以进入大学学习，在短期大学取得的学分可以累计为获得学士学位的一部分学分。
在以上三类学校获得的文凭相当于在国内获得大专文凭。
大学教育
日本的大学分为国立、公立和私立。无论哪一类大学都必须是日本文部省认可的正规大学，因此入学、毕业、授予学位条件大致相同。大学可以设有学部、大学院。
其中本科阶段称为“学部”，学制四年；研究生阶段称为“大学院”，包括硕士、博士、研修生。
本科阶段
入学条件：高中毕业者或具有同等以上学历者，并满12年教育经历者可申请进入大学学部课程。
毕业及授予学位的条件：必须在学四年以上（医学、牙科、兽医学专业必须在学六年以上），修满124个以上的学分（医学、牙科专业须修满188个以上的学分，兽医学专业须修满182个以上的学分）。毕业论文、毕业研究、毕业制作等若对修学具有一定的效果，亦可给予适当的学分。本科毕业生由所在大学授予学士学位。
另外，日本大学的学部里还有两种学生：旁听生和科目履修生。旁听生可以旁听特定的科目，但所修科目的学分不被认定。与旁听生不同的是，科目履修生所修科目的学分可以被认定。这两种课程成绩合格者不被授予毕业证书和学位证书。
研究生阶段
在日本，大学院设有硕士课程和博士课程。硕士课程学制为二年，博士课程学制为三年。有的学校将博士课程分为前期二年和后期三年。前期的二年亦可看作为硕士课程。同样，也有单独设置后期三年博士课程的。
硕士
入学条件：一般情况下，报考硕士课程需16年以上的学历，日本大学的医学、牙科及兽医学专业不设有硕士课程。
毕业及授予学位条件：在大学院在学二年以上，修满30个以上的学分，并且在接受研究指导的基础上，通过该研究生院的硕士论文审查及毕业考试，毕业生可获得由所在大学颁发硕士学位证书。若在学期间取得优异成绩或研究成果，在学年限允许减为一年以上。
博士
入学条件：一般情况下，具有硕士学位者以及被认定具有同等以上学力，并有18年以上的学历者均可直接进入博士的三年后期课程。但是，日本大学的医学、牙科及兽医学的本科课程学制为六年，也不设有硕士课程，因此大学毕业后可直接报考博士课程，但必须具备18年以上的学历，并且若不修完大学的6年课程，将不具备参加国家（资格）考试的资格。对于其他国家的硕士毕业（医学专业本科毕业）未满18年学历的须在大学院进行研究一年，然后再参加入学考试，攻读四年博士课程。
课程修了条件：在大学院在学五年以上，修满30个以上的学分，并且在接受研究指导的基础上，通过该研究生院的博士论文审查及考试。对于取得优异成绩或研究成果者，在学年限可减至三年以上。对于硕士课程已修了者，要求在学为三年。
授予学位的条件：设有研究生院的大学，对该院博士课程修了，毕业考试合格并学位论文审查通过的毕业生可授予博士学位。博士生即使实际并不在学，根据该大学的有关规定，通过博士论文审查，并具有博士课程修了者同等以上的学力，亦可授予博士学位。通常称前者为课程博士，称后者为论文博士
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