学校院系明斯特大学设有一下科系新教神学系 ，天主教神学系， 法律学系 ，经济学系，医学学系， 哲学学系 ，教育和社会科学系， 心理学和体育学系 ，历史和哲学系， 文字学系 ，此外还设有自然科学和数学系 ，数学和计算机科学系 ，物理学系， 化学和药学系 ，生物学系 ，地球科学系 和音乐系。明斯特大学开设有130多个本科和硕士学位，如经济学、管理经济学、国际发展学、市场营销、人力资源管理、社会学、生物学、化学、心理学、政治学、哲学、数学、英语、应用语言学、音乐等，其中热门专业是有语言学，政治学、法律和经济学。明斯特大学是欧洲很着名的大学。在1997年Manager Magazine对法学专业的排名中，明斯特大学排在第1名。