日本的高等教育包括专科、本科和研究生教育。专科2-3年；本科一般4年，医科（含牙医、兽医）6年（毕业后可报考博士课程研究生，学制4年）；硕士2年；博士3年。研究生教育阶段，有些学校硕士课程和博士课程分别设立；有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2年，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
日本大学专科毕业颁发毕业证书，不授予学位；大学本科毕业授予学士学位；硕士课程或博士前期课程研究生成绩合格、论文审查通过，颁发硕士学位；博士学位研究生根据其不同情况，或颁发博士学位证书，或颁发课程博士学位证书，或颁发论文博士学位证书。
日本实施大学专科教育的机构为短期大学和高等专门学校；实施大学本科教育的机构是大学的"学部"，实施研究生教育的机构是大学里的"大学院"，日本的高等教育机构根据设立形式和经费来源渠道，分为国立、公立、私立三种。
日本大学的"学部"和"大学院"除攻读学位的正规学生外，还有"旁听生"和"履修生"，前者所修课程的学分不被认定，后者所修课程的学分被认定，但都不授予毕业证书和学位证书。
日本大学的"大学院"还有一种特殊的"研究生"，也是非正规学生，一般称这类学生为"进修生"，既不能取得学分，也不能获得学位证书。有的是为了提高自身水平，有的是为报考正规研究生做准备。
日本的高等教育机构大多用日语授课，少数课程用英语授课。进入日本的高等教育机构学习，有的学校要求日语能力水平考试成绩要达到一级，有的学校要求达到二级。
二、名单
公立大学（75所）
公立函館未来大学（公立函馆未来大学）
釧路公立大学（钏路公立大学）
札幌医科大学（札幌医科大学）
青森県立保健大学（青森县立保健大学）
青森公立大学（青森公立大学）
岩手県立大学（岩手县立大学）
秋田県立大学（秋田县立大学）
山形県立保健医療大学（山形县立保健医疗大学）
宮城大学（宫城大学）
新潟県立看護大学（新潟县立看护大学）
会津大学（会津大学）
福島県立医科大学（福岛县立医科大学）
茨城県立医療大学（茨城县立医疗大学）
群馬県立女子大学（群马县立女子大学）
高崎経済大学（高崎经济大学）
前橋工科大学（前桥工科大学）
埼玉県立大学（埼玉县立大学）
東京都立大学（东京都立大学）
東京都立科学技術大学（东京都立科学技术大学）
東京都立保健科学大学（东京都立保健科学大学）
横浜市立大学（横浜市立大学）
神奈川県立保健福祉大学（神奈川县立保健福利大学）
富山県立大学（富山县立大学）
石川県立看護大学（石川县立看护大学）
金沢美術工芸大学（金泽美术工艺大学）
福井県立大学（福井县立大学）
都留文科大学（都留文科大学）
山梨県立看護大学（山梨县立看护大学）
長野県看護大学（长野县看护大学）
岐阜県立看護大学（岐阜县立看护大学）
岐阜薬科大学（岐阜药科大学）
静岡県立大学（静冈县立大学）
愛知県立大学（爱知县立大学）
愛知県立看護大学（爱知县立看护大学）
愛知県立芸術大学（爱知县立艺术大学）
名古屋市立大学（名古屋市立大学）
三重県立看護大学（三重县立看护大学）
滋賀県立大学（滋贺县立大学）
京都市立芸術大学（京都市立艺术大学）
京都府立大学（京都府立大学）
京都府立医科大学（京都府立医科大学）
大阪女子大学（大阪女子大学）
大阪府立大学（大阪府立大学）
大阪市立大学（大阪市立大学）
大阪府立看護大学（大阪府立看护大学）
神戸市外国語大学（神户市外国语大学）
神戸市看護大学（神户市看护大学）
神戸商科大学（神户商科大学）
姫路工業大学（姬路工业大学）
兵庫県立看護大学（兵库县立看护大学）
奈良県立医科大学（奈良县立医科大学）
奈良県立大学（奈良县立大学）
和歌山県立医科大学（和歌山县立医科大学）
岡山県立大学（冈山县立大学）
島根県立大学（岛根县立大学）
広島県立大学（广岛县立大学）
県立広島女子大学（县立广岛女子大学）
広島市立大学（广岛市立大学）
尾道大学（尾道大学）
広島県立保健福祉大学（广岛县立保健福利大学）
下関市立大学（下关市立大学）
山口県立大学（山口县立大学）
高知女子大学（高知女子大学）
北九州市立大学（北九州市立大学）
九州歯科大学（九州牙科大学）
福岡県立大学（福冈县立大学）
福岡女子大学（福冈女子大学）
県立長崎シーボルト大学（县立长崎斯博路德大学）
長崎県立大学（长崎县立大学）
熊本県立大学（熊本县立大学）
大分県立看護科学大学（大分县立看护科学大学）
宮崎県立看護大学（宫崎县立看护大学）
宮崎公立大学（宫崎公立大学）
沖縄県立看護大学（冲绳县立看护大学）
沖縄県立芸術大学（冲绳县立艺术大学）
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