日本的高等教育包括专科、本科和研究生教育。专科2-3年；本科一般4年，医科（含牙医、兽医）6年（毕业后可报考博士课程研究生，学制4年）；硕士2年；博士3年。研究生教育阶段，有些学校硕士课程和博士课程分别设立；有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2年，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
日本大学专科毕业颁发毕业证书，不授予学位；大学本科毕业授予学士学位；硕士课程或博士前期课程研究生成绩合格、论文审查通过，颁发硕士学位；博士学位研究生根据其不同情况，或颁发博士学位证书，或颁发课程博士学位证书，或颁发论文博士学位证书。
日本实施大学专科教育的机构为短期大学和高等专门学校；实施大学本科教育的机构是大学的"学部"，实施研究生教育的机构是大学里的"大学院"，日本的高等教育机构根据设立形式和经费来源渠道，分为国立、公立、私立三种。
日本大学的"学部"和"大学院"除攻读学位的正规学生外，还有"旁听生"和"履修生"，前者所修课程的学分不被认定，后者所修课程的学分被认定，但都不授予毕业证书和学位证书。
日本大学的"大学院"还有一种特殊的"研究生"，也是非正规学生，一般称这类学生为"进修生"，既不能取得学分，也不能获得学位证书。有的是为了提高自身水平，有的是为报考正规研究生做准备。
日本的高等教育机构大多用日语授课，少数课程用英语授课。进入日本的高等教育机构学习，有的学校要求日语能力水平考试成绩要达到一级，有的学校要求达到二级。
二、名单
国立大学（97所）
北海道大学(北海道大学)
北海道教育大学(北海道教育大学)
室蘭工業大学 (室兰工业大学)
小樽商科大学（小樽商科大学）
帯広畜産大学 (带广畜产大学)
旭川医科大学（旭川医科大学）
北見工業大学 (北见工业大学)
弘前大学（弘前大学）
岩手大学 (岩手大学)
東北大学 (东北大学)
宮城教育大学(宫城教育大学)
秋田大学（秋田大学）
山形大学 (山形大学)
福島大学 (福岛大学)
茨城大学 (茨城大学)
図書館情報大学（图书馆情报大学）：已并入筑波大学
筑波大学（筑波大学）
宇都宮大学（宇都宫大学）
群馬大学（群马大学）
埼玉大学（埼玉大学）
千葉大学（千叶大学）
東京大学（东京大学）
東京医科歯科大学（东京医科牙科大学）
東京外国語大学（东京外国语大学）
東京学芸大学（东京学艺大学）
東京農工大学（东京农工大学
東京芸術大学（东京艺术大学）
東京工業大学（东京工业大学）
東京商船大学（东京商船大学）
東京水産大学（东京水产大学）
お茶の水女子大学（御茶水女子大学）
政策研究大学院大学（政策研究大学院大学）
電気通信大学(电气通信大学)
一橋大学（一桥大学）
総合研究大学院大学（综合研究大学院大学）
横浜国立大学（横浜国立大学）
新潟大学（新潟大学）
長岡技術科学大学（长冈技术科学大学）
上越教育大学（上越教育大学）
富山大学（富山大学）
富山医科薬科大学（富山医科药科大学）
北陸先端科学技術大学院大学（北陆先端科学技术大学院大学）
金沢大学（金泽大学）
福井大学（福井大学）
福井医科大学（福井医科大学）
山梨大学（山梨大学）
山梨医科大学（山梨医科大学）：已并入山梨大学
信州大学（信州大学）
岐阜大学（岐阜大学）
静岡大学（静冈大学）
浜松医科大学（浜松医科大学）
名古屋大学（名古屋大学）
愛知教育大学（爱知教育大学）
名古屋工業大学（名古屋工业大学）
豊橋技術科学大学（丰桥技术科学大学）
三重大学（三重大学）
滋賀大学（滋贺大学）
滋賀医科大学（滋贺医科大学）
京都大学（京都大学）
京都教育大学（京都教育大学）
京都工芸繊維大学（京都工艺纤维大学）
大阪大学（大阪大学）
大阪外国語大学（大阪外国语大学）
大阪教育大学（大阪教育大学）
兵庫教育大学（兵库教育大学）
神戸大学（神户大学）
神戸商船大学（神户商船大学）
奈良教育大学（奈良教育大学）
奈良女子大学（奈良女子大学）
奈良先端科学技術大学院大学（奈良先端科学技术大学院大学）
和歌山大学（和歌山大学）
鳥取大学（鸟取大学）
島根大学（岛根大学）
島根医科大学（岛根医科大学）
岡山大学（冈山大学）
広島大学（广岛大学）
山口大学（山口大学）
徳島大学(德岛大学)
鳴門教育大学（鸣门教育大学）
香川大学（香川大学）
香川医科大学（香川医科大学）
愛媛大学（爱媛大学）
高知大学（高知大学）
高知医科大学（高知医科大学）
福岡教育大学（福冈教育大学）
九州大学（九州大学）
九州芸術工科大学（九州艺术工科大学）
九州工業大学（九州工业大学）
佐賀大学（佐贺大学）
佐賀医科大学（佐贺医科大学）
長崎大学（长崎大学）
熊本大学（熊本大学）
大分大学（大分大学）
大分医科大学（大分医科大学）
宮崎大学（宫崎大学）
宮崎医科大学（宫崎医科大学）
鹿児島大学（鹿儿岛大学）
鹿屋体育大学（鹿屋体育大学）
琉球大学（琉球大学）
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