日本医生的收入要从工作医生、开业医生和实习医生三个方面进行解说。
工作医生
厚生劳动省2008年度实施了的工资构造基本统计调查，调查结果显示工作医生（含非正规雇佣者的)平均一年的收入是1159万日元。根据同样的调查，民营企业的员工平均一年的收入是486万日元，同时与工作医生同等学历的大学或者研究生毕业(旧帝国大学、排名靠前的国立大学，早稻田，庆应大学等)的民营企业员工的收入也仅为每年624万日元，相比之下工作医生的工资是比较高的。
但是，不仅仅是工作医生，日本劳动者的加班时间很大程度的超出劳动基准法（日本的劳动法），而且这样的情况很多都没有向政府申报，所以关于义务加班和没有工资的劳动时间没有可以信赖的数据。
另外，医生为了维持国家认证医师和专业医师等的资格，要定期性地出席学会并支付学会费用, 这些的经费是由工作医生自我负担的，旅费、学会费等通常都不能作为医院的经费被认可。
开业医生
2007年11月18日的朝日新闻晨报社报道了开业医生平均一年的收入是2500万日元。中央社会保险医疗协会对医疗从事者、医疗设施的经营实际状态进行调查的“医疗经济实际状态调查”(05年6月)显示，个人开业医生的收支差额为2744万日元。但是，在这个计算中没有包含社会保险费、税金及设备投资贷款的返还等的费用。根据日本医生会的数据，个人私立诊疗所的开设者的平均年收入为2,043万日元,平均可分配所得是1,469万日元。在除去65岁以上的各个年龄层都超过工作医生的可分配所得。另外，日本的个体工商户的平均年收入是389万日元，与其他的个体工商户相比较的话，开业医生的收入水平极高。
同时，厚生劳动省发表的“关于看护保险事业的收入没有医疗机关的总计”显示，普通诊疗所的收支差的分布，不是把平均值作为中央的正规分布，而是在平均值以下有着很大比重的极其偏颇的分布。平均收支差为200万日元以下的诊疗所占约65％，收支差为赤字的诊疗所约占13％。
以前社会普遍认为“工作医生是穷人，开业医生是富人”，但是现在工作医生和开业医生的收入差距还是比较的小的。与其说把提高收入作为目的，倒不如说为了避免过重劳动和保证夜间睡眠时间等改善劳动条件，避免过劳死为目的的开业医生逐渐在增加。
实习医生
以前，实现医生的状态是：低薪，被形容为“好象奴隶一样”，甚至低于劳动基准法规定的最低工资。但是近年来从“为了挣取生活费而通宵打工是医疗事故的温床”的观点，国家发布了从2004年度开始需向实习医生每月支付30万日元（不包括各种补贴）左右报酬的指示。但是这个指示并没有完全被执行，因为实习医生根据实习内容的不同，需要每周工作60小时至100小时。
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